Ante el aumento de revisiones electrónicas y el cruce automatizado de información, muchas empresas han creado comités internos de control para supervisar su Contabilidad Electrónica. Estos comités suelen integrar representantes de finanzas, contabilidad, fiscal y tecnologías de la información, con reuniones periódicas para revisar indicadores clave de cumplimiento.
Entre sus funciones se encuentran la validación del cierre contable mensual antes de enviar la balanza, la revisión de partidas de alto riesgo, la conciliación entre ventas facturadas y registradas, y la atención de requerimientos electrónicos de la autoridad. Esta gobernanza interna busca minimizar errores, evitar sanciones y asegurar que las decisiones de negocio se tomen con base en información financiera confiable. Algunas empresas han complementado estos esfuerzos con políticas formales de gobierno de datos aplicadas a toda la contabilidad electrónica.